Cumhuriyet'in kurulmasından önce Sıhhiye Umum Müdürlüğü olarak hizmet veren, İstanbul Sağlık Müdürlüğü, Cumhuriyet'in kurulması ile birlikte Cağaloğlu Kazım İsmail Gürkan Caddesi No: 9'daki 7-8 Hasan Paşa Konağı'nda Sıhhat ve İçtimai Muavenet Müdürlüğü olarak hizmete başladı.

İstanbul'da artan nüfus ve gelişen teknolojiye paralel olarak sağlık teşkilatı da aynı hızla büyüdü. Cumhuriyet'in ilk yıllarında külliyelerden hastanelere dönüştürülen kurumlar, Sağlık Müdürlüğü'nün koordinasyonu ve denetiminde büyük kuruluşlar haline geldiler. Günümüzde İstanbuldaki sağlık kuruluşları birer sağlık merkezi haline gelerek dünya standartlarında bazı noktalarda ise dünya standartlarının üzerinde tesislere dönüştüler.

Dr.Abdulhak Adnan Adıvar, 1915 'de Sıhhiye Umum Müdürlüğü yaptığı yıllarda bir müzenin gerekliliğine inanmış ve bu amaçla hem ressam hem de hekim olan Sıhhiye Müfettişi Dr.Hikmet Hamdi'yi bu göreve getirmiştir. Böylece sağlık müzesi için ilk hazırlıklar başlamıştır. Dr.Hikmet Hamdi'nin yağlı boya tabloları, bilgi verici levhalar ve alçı modeller yeterli sayıya ulaşınca o günlerde Müdafaa-i Milliye Cemiyeti'nin içinde olduğu Divanyolu'ndaki binanın iki oda bir salonu Sağlık Müzesi için ayrılarak halka açılma hazırlıkları tamamlanmıştır ve 23 Temmuz 1918'de açılışı, Sıhhiye-i Umumiye Müdürü Esad Paşa tarafından yapılmıştır. 1960'lı yıllara kadar İstanbul'da her ilkokulun defalarca ziyaret ettiği, halkın çok iyi tanıdığı Sağlık Müzesi işlevini yavaş yavaş kaybetmiştir. 1988-1989 yılları arasında açılan bir ihale ile onarıma girmiş ve ardından Sağlık Grup Başkanlığı ve Kuduz Merkezi olarak işlev görmüştür. 2002 yılında tekrar onarıma alınmıştır ve bu tarihten itibaren Sağlık Müdürlüğü ek hizmet binası, Eminönü Sağlık Grup Başkanlığı, Eminönü Merkez Sağlık Ocağı ve Eminönü Halk Sağlığı Laboratuvarı olarak hizmet vermektedir.

İstanbul Sağlık Müdürlüğü 1993 yılından bu yana, Hudut ve Sahiller Genel Müdürlüğü'ne ait Peykhane Caddesi No: 10'daki yeni binasında hizmet vermektedir. Ancak, bu binanın fiziki yetersizliği nedeni ile bazı şubeler halen Kazım İsmail Gürkan Caddesi No:9'daki 7-8 Hasan Paşa Konağı'nda hizmet vermeye devam etmektedir. Her iki binada toplam 505 personel görev yapmaktadır.

İstanbul kendi nüfusunun yanısıra, ülkenin tamamından, özellikle ikinci ve üçüncü basamak sağlık kurumlarına hasta başvurusu almaktadır. Böylece İstanbul'un sağlık kurumlarının hitap ettiği hasta sayısı katlanarak artmaktadır. Ayrıca son yıllarda özellikle Ortadoğu ve Avrupa ülkelerinden eğitim hastanelerine hasta başvuruları olmaktadır. İstabul'un sağlık konusunda cazip bir merkez haline gelmesindeki en büyük etken, hastane ve hizmet kalitesinde sağlanan kapasite ve nitelik artışıdır.

Bu bağlamda İstanbul Sağlık Müdürlüğü'nün temel amacı, tedavi kurumları ve birinci basamak sağlık kuruluşlarında verilecek sağlık hizmeti kalitesinin arttırılması ve hizmet sunan kurumların kolay ulaşılabilir olmasıdır. Ayrıca, ayaktan tanı ve tedavi merkezlerinin kalite ve niteliğinin artırılması çalışmaları da devam etmektedir.

Hızlı ve kaliteli sağlık hizmetini insan merkezli olarak sunmak, sunulan hizmetin kalitesini artırmak ve hizmetin ulaşılabilirliğini sağlamak tüm Sağlık Müdürlüğü çalışanlarının temel hedefidir.